当个体工商户有多个营业执照和门店时，其需要申报的税种包括：营业税、增值税、个人所得税和印花税。其中营业税、增值税和印花税是按照生产经营所得来计算的，这三种税也是缴税的最主要种类，但对于每种税种都有税率和税收计算的方式不同。而个人所得税是按照个体工商户实际领取到的收入来缴纳的，一般按照个人工资所得来缴纳和报税。 拓展知识： 个体工商户申报的税种不仅仅只有营业税、增值税和个人所得税，还有其他的税种，包括有房产税、土地使用税、城市维护建设税、城镇土地使用税、印花税等。每种税种的计税方式也有一定的差异，个体工商户需要熟悉这些税种的计税方式和税率，确保缴纳正确的税款。