不能只凭付款申请单和发票入账，因为付款申请单和发票中没有有关公司支付食堂资金的明确合同、协议或文件。据相关法律规定，企业在付款时，应当提供相关合同、协议或文件，作为补充凭据，为企业付款提供线索。 合同是企业之间进行经济活动的基本凭据，是企业付款的唯一依据，可以明确双方的权利义务关系，以确保企业的支付权利，以及食堂的获收权利。因此，即使是付款申请单和发票，也必须有相应的合同、协议或文件，才能入账。 拓展知识：双方应根据合同条款，明确双方的权利义务，如付款时间，金额合计、发票样式与数量，付款方式等，确保企业在付款时能够获得相应的权益和保障。另外，合同的制定还应该符合相关的法律法规，并保持合法性，以确保合同的有效性，增强支付流程的安全性与合规性。