处理虚开成本发票导致实际没有库存账上有库存被税务查出的结果取决于被查出的税务事项的范围。一般而言，处理这样的事项要求企业支付缺少的税款做出补偿，此外，还可能会受到其他惩戒措施，比如追缴虚开税款、取消纳税资格或者对相关责任人直接处以罚款、拘留等。 为了避免被税务查出虚开发票的风险，企业应严格遵守税务法规，认真履行财务责任，坚持实报实销、履行税收信息披露及审计义务，加强内部控制，打造完善的税务账务系统，实施会计活动监督，加强审计质量管理，确保税收信息披露、财务报表和财务报告的准确性和真实性。同时，加强发票流转的监控，让发票安全有序地流转至终点，及时发现税收违法行为，严厉打击高收税、虚开发票的行为。 拓展知识：企业也可以通过引入税收自动化和大数据技术来有效控制成本发票的非法开具行为，比如税收自动化可以根据企业和用户实际情况，提前识别出成本发票开具异常，而大数据则可以全面采集企业实际付款信息，识别税收风险和违法行为，确保企业发票真实性，及时发现虚开发票行为并予以组织规范。