分公司注销后，总公司应与分公司协商，根据分公司注销时的账务状况，对相关往来账进行冲销或转账处理，并在总分公司和分公司之间签订一份双方同意关闭会计分录的协议，以明确各账户的结余状况，确保最终结算正确。总公司还应制订相应的凭证，将分公司注销的费用及最终的结余收入、支出计入账务结算，确保公司账务处理准确有效。 从会计记账的角度来看，总公司的结账处理需要结合分公司的实际情况以及总公司的财务报表来实施，比如正确确定结账时的各账户结存状况，精确计算结账时未完工结算及成本结转状况，正确核算收入和支出，以及正确处理税金和资金结算等。同时，总公司还应对分公司的产品及服务进行登记，并根据采购、销售及财务报表，完成公司内部的跨部门结算和税金结算，确保最终结果正确。