当公司变卖自用商务车时，在电子税务局增加税种认定的时候，应按增值税汽车相关规定办理税务登记，分担税务税收。根据国家有关规定，购买商务车应交纳增值税，而进行变卖时，则需将已交纳的增值税同等金额在电子税务局中进行交纳，以便保障所有税收的平等。 此外，拓展知识：在增加税种认定的时候，一般情况下，也可以使用增值税汽车专用税种来支付增值税。根据国家有关规定，个人购买商务车的增值税可以使用汽车专用税种来支付，而变卖出去的商务车也可以使用汽车专用税种来交纳。