建筑企业对跨区经营的工程项目开出红字专用发票，根据《国家税务总局关于建筑企业正负发票业务税收处理若干问题的通知》（国家税务总局 [2008] No.90）第六条规定，当建筑企业本期无同相目的正数业务发生时，应当以红字专用发票作为本期增值税及附加预缴申报的依据。具体流程如下： 1.首先建筑企业按照规定准备相关发票类型，红字专用发票是特定类型的发票，其内容应当按照国家税务总局的规定填写； 2.接下来，建筑企业在增值税及附加预缴申报表中填写相关信息，并使用红字专用发票作为证据； 3.最后，建筑企业完成增值税及附加预缴申报，并将红字专用发票上传税务机关审核。 此外，建筑企业还应当注意红字专用发票的有效期限，以及如果存在错误的发票内容应当及时根据税务机关的要求重新填写。拓展知识：红字专用发票可以用于核定建筑企业提供的可抵扣支出，税务机关更加重视建筑企业开具红字发票的规范性，确保税务管理的真实可信。