分公司非独立核算，要合并纳税的税种主要有：增值税，企业所得税，城市维护建设税，营业税等，特别是企业所得税是一定要合并纳税的，因为企业所得税是国家税收的主要组成部分，企业所得税可以分为独立核算和合并核算两种纳税方式，独立核算是指企业按其所有设立的独立分支机构，依据其独立实际经营情况，分别缴纳企业所得税，合并核算是指分公司非独立核算，所有子公司的企业所得税将合并计算，合并纳税，以便更好地控制企业所得税的交纳情况，拓展知识：合并核算的企业，还应当注意有关依法备案的手续，如增值税，地方税务机关会根据纳税主体的特殊性对跨地区纳税建立不同的分类，如果纳税主体涉及不同区域，还需办理跨地区纳税备案。