小规模纳税人发出的3%专用发票，应按照个人所得税法的规定，扣除3%的个人所得税。根据个人所得税法，发生交易时，纳税人应该按照相应的比例扣除应纳税款，将应纳税款缴纳到国家国库。如果没有提供税号，则可以不用扣税。同时，如果这笔款发生在跨境交易中，纳税人还需要根据有关规定，交纳跨境服务费用税。 拓展知识： 小规模纳税人只需要在个人所得税法框架下缴纳税款，其税率一般在3%左右，而其他纳税人可以根据自己的情况，根据不同的业务量计税。个人所得税法允许一定数量的抵扣和免征，纳税人应当根据自身的情况充分利用。