首先，根据规定发票的金额应当与工资表的金额一致，所以班组长开发票的金额与提供的农民工工资表相差几十万是不可以的。 其次，你们可以通过开记账支票给班组长支付差额，支票金额为额外支付的数目，记账支票是依据实际完成的工作量进行相应的调整，可以在第一时间把班组长的报酬补到账上。 最后，你们也可以将班组长的报酬拆分，你们可以先把一部分报酬付给班组长，剩下的部分再另行结算，但是这种情况需要和班组长进行协商。 总之，你们可以通过上述方式处理班组长开发票与工资表金额几十万的差额，使其能够得到应有的报酬。此外，你们在进行报酬结算时也要注意税务等问题，同时要做好记录和公证，以防出现纠纷等情况。