是的，双职工需要分别申报工资，5000也要分别减去，两个单位的住房公积金及个税也是分别缴纳的。因为住房公积金和个税是以个人收入为依据，如果收入来自多个单位，那么每一份收入都会分别计算费用。双职工每个月要及时将全月工资收入和费用实时申报，并及时报销，否则可能会面临滞纳金和其他惩罚。 个税是一项关系国民经济社会发展的重要税收，它有利于控制成本、增加收入，帮助完善国家的财政政策，促进国民收入的公平分配，保证社会的和谐发展。个税有起征点的设定，收入超出起征点的部分要按一定比例纳税，有利于帮助低收入的国民，减轻生活负担，因此，双职工可以根据自身收入情况，合理申报个税，充分发挥所需纳税政策的作用，以求避免拖欠税款，以及损失更大。