根据相关税收法律，在跨区有项目按100万开票额预缴了增值税，附加税和企业所得税后，开票后，公司在本地还要交纳增值税，附加税和企业所得税。 增值税：公司按一定规定预缴的增值税，在开票后，公司在本地只需要再次缴纳当期应纳税额，并不再以100万计算。 附加税：公司按一定规定预缴的附加税，在开票后，公司在本地只需再次缴纳当期应缴税款，包括城市建设维护税，教育费附加，地方教育附加税等。 企业所得税：公司按一定规定预缴的企业所得税，在开票后，公司在本地只需再次缴纳当期应缴税款，如果预缴的企业所得税金额小于应缴，则差额将按有关规定缴纳。 总而言之，开票后公司在本地仅需要再次交纳当期增值税，附加税和企业所得税，具体金额以实际发生金额为准，建议公司严格按有关规定缴纳税款以确保其正确缴纳税款。 拓展知识：在开票后，公司可以申请异地出口加计抵扣，从而减少跨区有项目税收的负担。