答：员工11月入职，而实际上只发了11月和12月的工资，在申报1月份的个税时作为第一次申报，申报系统里基本减除费用就会每月扣除5000元。申报时员工入职时间应该填写11月份，即从11月开始计算缴纳个税，直到1月底。由于这部分工资在申报时间内未缴纳个税，因此，一月份个税会被扣除5000元以缴纳从11月到1月的欠税。 拓展知识：根据《中华人民共和国个人所得税法》第五十六条，个人对收入未经税务机关查收，或者未实施工资报销等专项优惠政策的税款，根据相关规定及时应纳税款的，应当依法按月报送申报，间隔期未报送申报的，应当按规定加收违约金。