1.系统初始化设置工作有差异。手工会计的初始化工作包括建立会计科目，开设总账，登录余额等；会计电算化的初始化设置工作则较为复杂。 2.科目的设置和使用上存在差异。在手工会计中，将账户分设为总账和明细账，明细账大多仅设到三级账户；科目的设置和使用一般都仅为中文科目。而在会计电算化中，有的财务软件将科目的级数设置到6级以上，除设置中文科目外，还设置与之对应的科目代码，但在显示打印时，一般都将中文科目和与之对应的科目代码同时显示。 3.账务处理程序上存在差异。手工会计采用不同的会计核算形式，常用的有记账凭证核算形式、科目汇总表核算形式、汇总记账凭证核算形式、日记账核算形式等.而在会计电算化中常用的是日记账文件核算形式和凭证文件核算形式. 4.账簿格式存在差异。在手工会计中，账簿的格式分为订本式、活页式和卡片式三种,现金日记账、银行存款日记账和总账必须采用订本式账簿。而在计算机会计系统中,由于受到打印机的条件限制,不太可能打印出订本式账簿。