根据《个人所得税法实施条例》第二十五条规定，按照国家规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。所以，合伙企业负担的投资者的社会保险费、住房公积金，按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的社会保险费、住房公积金允许在个人应纳税所得额中扣除。