公司开出去的票跟客户付款的金额不一致，老板说客户申报项目时我们是小规模，谈的是3%的税，今年我们变成一般纳税人6%，客户沟通了，不行，改不了，客户付款时自动扣了一半的税金，按3%给钱，100多万少给我们付款3万多，而且我还发现之前好几次也是一样的，客户扣了一部分费用，开票金额跟我们收款金金额不一样，现在我都不知道该咋办，帐不平，客户肯定也不会给钱了，你们都是怎么处理的。麻烦告知哈，谢谢！