老师好：我是一家房地产企业，有一项目需配建经济适用房，公司对项目的规划和定位，没有在项目中配建经济适用房，经与相关部门协商，同意我单位在其它房产公司购买了经济适用房，并给我单位开具发不动产的专票。现在把这些经济适用房给相关部门时，相关部门认为我们这应该算是二手房，不同意按移移交处理，让开具发票，但又不给钱。这个该如何处理？我购买经济适用房产生的支出怎样处理？