工程管理部门员工报销的差旅费，如果与特定在建工程项目直接相关，可以计入在建工程科目。 在建工程是指企业固定资产的新建、改建、扩建，或技术改造、设备更新和大修理工程等尚未完工的工程支出。对于工程管理部门员工因这些工程项目而出差所产生的差旅费，如果能够明确与特定在建工程项目直接相关，那么这部分费用可以计入该在建工程项目的成本中。 然而，如果差旅费与特定在建工程项目无直接关联，或者无法明确区分，那么通常会计入企业的管理费用等期间费用科目中。 因此，在处理工程管理部门员工报销的差旅费时，需要根据实际情况和会计准则进行判断和归类。