软件即征即退算出来的退税额与系统不一致，可能有以下原因： 计算方面 - 进项税额分摊差异：对于无法划分的进项税额，需按实际成本或销售收入比例确定软件产品应分摊的进项税额。若分摊方法不准确或与税务系统认定的方法不同，会导致应纳税额计算有别，进而影响退税额。 - 税率适用错误：软件产品增值税一般纳税人销售自行开发生产的软件产品，按13%税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退。若对相关业务税率适用有误，会使退税额计算错误。 申报和数据方面 - 申报数据填写问题：申报时填写的数据与实际计算的数据存在偏差，如销售额、进项税额等数据填错，或未准确填写即征即退相关栏次，会使系统计算的退税额与自行计算的不同。 - 数据同步与时效性问题：企业计算退税额的时间与税务系统计算的时间存在差异，在这期间若有新的申报数据或调整，会导致结果不一致。或者企业申报数据上传后，税务系统因故障等未及时准确处理，也会出现这种情况。 政策理解和执行方面 - 政策理解偏差：对软件即征即退政策的细节理解不到位，如对软件产品的界定范围、销售额的核算方法等理解有偏差，导致计算退税额的基础数据不准确。 - 税务机关调整：税务机关根据相关政策和规定，对企业的退税申请进行审核时，可能会对某些数据或计算方法进行调整，从而使最终退税额与企业自行计算的不同。