税务处理方面 服务贸易税务备案：对于研发服务这类服务贸易收入，在中国大陆需要进行税务备案。企业可以向当地税务机关申请服务贸易等项目对外支付税务备案表。在备案时，提交相关合同、发票等资料，证明研发服务的真实性和金额的准确性。例如，准备好研发服务合同、研发项目计划书、研发成果报告等资料。 代扣代缴税款：根据相关规定，对于境外公司支付的服务贸易款项，可能需要代扣代缴增值税、企业所得税等。完成代扣代缴后，取得完税凭证，这可以作为合法支付的依据之一。 外汇管理方面 服务贸易外汇收支操作：企业可依据国家外汇管理局的规定，通过银行办理服务贸易外汇收支业务。向银行提交税务备案表、合同、发票等相关资料，申请将外汇款项入账。例如，在银行国际业务窗口，提交上述资料，填写服务贸易外汇收支申报单。 与台湾公司沟通解释：向台湾公司出示已完成的税务备案和外汇操作合规手续，解释中国大陆的相关规定，表明研发服务款项的支付是符合规定的，消除对方的顾虑。 合同调整方面 重新协商合同条款：如果台湾公司仍然存在疑虑，可以考虑与对方重新协商合同条款，例如将研发服务费用的支付方式调整为通过其他合法途径支付，或者在合同中明确支付的责任和义务以及对应的合规操作流程。 增加履约保证条款：在合同中增加履约保证条款，如第三方担保、违约金条款等，保障双方在支付和服务提供过程中的权益，防止因支付问题导致的合同纠纷。