1. **境内段发票** - **9%增值税专票部分**：如果货代公司提供的是国内运输服务等符合增值税应税服务范围的业务，开具9%的增值税专用发票是正确的。例如，从工厂运输货物到港口等国内运输环节属于交通运输服务应税范畴，适用9%的税率。 - **免税的代理港杂费部分**：港杂费是在港口环节发生的一系列杂费，包括装卸费、堆存费等。如果货代公司只是代理这些费用，且符合代理服务免税的规定，开具免税发票是合理的。代理服务免税通常是因为这些费用主要是代收代付性质，货代公司没有对其增值部分进行应税销售行为。 2. **境外段发票** - 对于境外段免税的代理海运费，这也是合理的。因为国际运输服务适用零税率或者免税政策。在这种情况下，货代公司作为代理，提供的是国际海运代理服务，不是实际承运人。根据相关税收政策，国际运输代理服务可以享受免税待遇。 - 从税收政策角度来看，根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）规定，中华人民共和国境内（以下称境内）的单位和个人销售的下列服务和无形资产，适用增值税零税率：（一）国际运输服务。同时，试点纳税人提供国际货物运输代理服务，向委托方收取的全部国际货物运输代理服务收入，以及向国际运输承运人支付的国际运输费用，必须通过金融机构进行结算。否则不能享受免税政策。 总体而言，从提供的信息来看，货代公司开具的发票在税收处理上是合理的，但需要确保业务实质与发票开具内容相符，并且符合相关的税务规定和结算要求。