合同义务已经履行完毕通常意味着合同的主要义务已经完成，例如商品已经交付、服务已经提供等。 然而，未付清款项或未开具发票并不影响合同主要义务履行完毕的认定。 从法律角度看，只要合同约定的核心义务已经按照约定完成，就可以认为合同已经履行完。未付清款项涉及的是合同款项支付的履行问题，未开具发票可能涉及税务合规和合同约定的附属义务。 但在实际商业活动中，为了避免纠纷和保证交易的完整性，通常会在款项付清和发票开具后，才认为整个交易流程彻底结束。