分公司设立时选择独立核算还是非独立核算，主要看公司对财务控制、税务处理及法律责任的考虑。 独立核算意味着分公司拥有独立的财务账户，自负盈亏，自行申报纳税，适合规模较大、业务复杂、需要高度自主管理的公司。 非独立核算则由总公司统一管理财务，分公司不单独申报纳税，适用于业务简单、财务管理统一要求高的情况。 选择时，考虑公司的实际需求、财务管理水平、税务政策以及可能的法律风险，权衡后做出决策。