这种情况是存在一定风险和不规范的，但可以通过一些措施来处理。 首先，建议您与甲方以及其分包方签订三方协议，明确说明甲方将债务转移给分包方，分包方承担付款责任。 在协议中，要详细说明业务的背景、发票的开具情况、原合同未能签订的原因，以及各方的权利和义务。 如果无法签订三方协议，您可以考虑让甲方出具一份书面说明，说明将付款义务转移给分包方，并加盖甲方的公章。 另外，从税务角度来看，虽然合同、发票和资金流不一致，但如果有充分的证据和合理的解释，一般不会被认定为违规。但为了降低风险，您可以向主管税务机关咨询并说明具体情况，遵循其建议进行处理。 例如，某公司 A 向 B 公司开具发票但未签订合同，后 B 公司无法付款，将债务转移给其关联公司 C 并签订了三方协议，最终顺利完成了款项的结算，且未引发税务问题。