研发部门的房屋折旧费通常不可以加计扣除。 根据《财政部、国家税务总局、科技部关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》（财税〔2015〕119 号），可加计扣除的研发费用中的折旧费用，指的是用于研发活动的仪器、设备的折旧费，不包括房屋折旧费。 然而，在高新技术企业认定中，研发部门自用房屋的折旧费在一定条件下可作为研发费的归集范围。但需注意的是，这并不意味着可以直接将其用于加计扣除。 具体政策可能会随着时间和地区而有所变化，建议关注最新的税收政策和相关法规，或者咨询当地的税务部门，以确保准确申报和享受相关优惠政策。同时，企业应按照国家财务会计制度要求，对研发支出进行会计处理，并准确归集核算各项研发费用。在一个纳税年度内进行多项研发活动的，需按照不同研发项目分别归集可加计扣除的研发费用，并对研发费用和生产经营费用分别核算，准确、合理归集各项费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除。