注册会计师应当发表保留意见的审计报告。 原因如下：虽然虚假确认的收入 3600 元低于财务报表层次重要性水平 2 万元，但该虚假确认收入的行为违反了会计准则的规定，影响了财务报表的真实性和准确性。 重要性水平是注册会计师判断审计中发现的错报是否重大的一个标准，但并非唯一标准。即使错报金额低于重要性水平，如果其性质较为严重，或者累计的错报可能对财务报表产生重大影响，注册会计师也不能忽视。 在这种情况下，虚假确认收入是一种性质严重的违规行为，可能影响使用者对财务报表的信赖，因此不能因为金额低于重要性水平就不要求调整，而应发表保留意见的审计报告，以提醒报表使用者注意该事项可能对财务报表产生的影响。