1.核对数据：首先，需要核对报关单解密后的数据和进项发票的数据，确保两者之间的差额准确无误。核实报关单上的数量、金额和税则号等信息是否与增值税发票上的信息一致。 2.分析差异原因：找出报关单解密后数据大于进项发票的具体原因。可能是由于报关数量与发票数量不一致、税率差异、折扣或优惠等因素造成的。 3.处理差异：如果是因为报关数量与发票数量不一致，但金额同比例少开了发票，那么可以在规定的时间内（如90天内）将差额部分再开一张发票，或者作废原来的发票，重新开具一张按照报关单上数量和金额的新发票。如果差异是由税率、折扣或优惠等因素造成的，需要根据税法规定进行调整。 4.退税申请：在处理完差异后，如果发现实际支付的税款超过了应缴纳的税款，可以向税务机关申请退税。退税申请需要提交相关的证明材料，如报关单、增值税发票、购销合同、付款凭证等。退税申请的具体流程和要求可能因地区和行业而异，需要参照当地税务机关的规定进行。 5.注意事项：在处理报关单解密大于进项发票的问题时，需要注意时间限制和税法规定，确保操作的合规性。同时，要保持与税务机关的沟通，及时了解最新的政策和规定，避免因为不了解政策而造成不必要的损失。