无论是增值税专用发票还是增值税电子发票，其法律效力、基本用途、基本使用规定等都与纸质专用发票相同，可以用于抵扣。同时，《中华人民共和国发票管理办法》第三条也明确规定，电子发票与纸质发票具有同等法律效力。 具体到你的情况，既然公司购买二手车时开的是增值税电子发票，那么在抵扣时并不需要区分专用发票和税控机动车发票。增值税电子发票同样可以作为有效的抵扣凭证。