A公司应按照每个月应发工资6000元为基础，计提工资费用，同时计提社保和公积金中由公司承担的部分（即社保的单位部分1079.8元和公积金的单位部分516元）。个人承担的部分（社保个人承担468.51元和公积金个人516元）则应在发放工资时从工资中扣除。 关于甲公司给A公司的2万元奖励费用，这笔费用实际上是甲公司对A公司的一种补偿或奖励，用于冲减A公司需要支付给甲公司的残疾人工资。但这笔费用不应影响A公司对残疾人工资、社保和公积金的计提。计提应基于实际发生的金额，即残疾人的实际工资和A公司应承担的社保、公积金金额。 在年末结算时，A公司可以将甲公司支付的2万元奖励费用与应支付给甲公司的残疾人工资进行冲减。这样，既保证了日常计提的准确性，又体现了甲公司对A公司的补偿或奖励。