当凭证上的一个科目同时选择了两个辅助核算项目时，确实可能导致科目余额和辅助项目余额之间的不一致。这种情况通常发生在会计软件中，当对某一科目设置了多个辅助核算项目，并在凭证录入时同时选择了这些辅助核算项目时。 辅助核算项目通常用于对特定科目进行更详细的分类和追踪，如部门、项目、客户等。当为某一科目设置了多个辅助核算项目时，该科目的余额会被分配到这些辅助核算项目中。如果在凭证录入时，同时选择了多个辅助核算项目，那么这笔金额可能会被分配到多个辅助核算项目中，从而导致科目余额和辅助项目余额之间出现差异。