您好，企业销毁会计档案的程序如下：档案部门和财务部门共同提出销毁意见，并进行严格审查和鉴定，编制销毁清单。对于非私有企业，需报领导批准后方可进行销毁，而国有企业还需经过上级主管单位的批准。在销毁清单上进行逐一核对，员工进行监销。完成销毁后，需在销毁清单上标注“已销毁”，并记录销毁日期，并将监销情况书面报告一式两份，一份报本单位领导，一份归入档案备查。 该公司仅凭总会计师签署意见就进行销毁，不符合销毁会计档案的程序。