对于您提到的运输费用结算方式，合同可以约定燃料费由您公司承担，并在运费结算时从总价款中扣除。然而，关于税务方面，特别是小规模纳税人开具发票的问题，需要遵循相关税法规定。 根据《货物运输业小规模纳税人申请代开专用发票管理办法》，小规模纳税人在境内提供公路或内河货物运输服务，需要开具专用发票的，可以在税务登记地、货物起运地、货物到达地或运输业务承揽地中任何一地，就近向税务机关申请代开专用发票。这意味着对方作为小规模纳税人，确实可以为您开具运输费用的专用发票。 注意以下几点： 1.扣除的燃油费需要在合同中明确，并且双方应就这部分费用的实际支付和核算方式达成一致。 2.在进行运费结算时，确保结算方式符合双方的约定，并且遵循相关的会计准则和税法规定。 3.对方开具的运输费用发票应符合税务要求，并且发票上的金额应与实际结算金额相符。