在合并报表时，对于母公司实控人兼大股东直接持有的控股子公司股份的处理，通常不会按照少数股东权益进行合并。这是因为实控人兼大股东对子公司的控制程度较高，其持有的股份应当被视为母公司的权益部分，而不是少数股东权益。 在编制合并报表时，母公司和其子公司的资产、负债、收入和费用等应当进行合并，以反映整个集团的财务状况和经营成果。对于实控人兼大股东直接持有的子公司股份，其相关的权益和收益应当纳入合并报表中，作为母公司权益的一部分进行反映。 需要注意的是，在合并报表编制过程中，还需要考虑其他因素，如子公司之间的交叉持股、合并报表的范围确定等。因此，在实际操作中，建议根据相关法律法规和会计准则的规定，结合具体情况进行审慎处理。 对于母公司实控人兼大股东直接持有的控股子公司股份，在合并报表时不应视为少数股东权益，而应纳入母公司权益部分进行反映。