根据现行的增值税政策，总公司向门店配送药品是否需要缴纳增值税取决于两者是否属于同一市县以及是否经过相关财政、税务部门的特别批准。具体分析如下： 1. **不同市县独立纳税人**：如果总公司与分公司（即门店）位于不同的市县，并且各自作为独立的增值税纳税人进行纳税申报，那么在总公司向分公司配送货物时通常应视为销售行为，需要依法缴纳增值税。 2. **同一市县内部移库**：如果总公司和门店位于同一市县，并且作为一个统一的纳税主体进行增值税申报，那么总公司向门店配送货物可以视作内部移库处理，不需要缴纳增值税。 3. **特殊批准情况**：在一些特殊情况下，企业可能会获得税务机关会同财政部门的审批，允许总店向所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税。在这种情况下，即使总公司和门店处于不同市县，也可以视作同一纳税主体，其间的货物移送可能不需要缴纳增值税。 4. **跨区域连锁经营模式**：对于跨地区经营的连锁企业，可以设置地区总部并在非总部所在地区或城市实行“总部——地区总部——分店”的管理模式。此时，总部对地区总部的商品配送将作为销售处理，并由总部统一核算，统一向总部所在地主管税务机关申报、缴纳增值税。 综上所述，您所在的杏林医药公司如果是在不同市县运营，并且门店和总公司是作为不同纳税主体的话，那么总公司向门店配送药品一般需要缴纳增值税。但如果总公司与门店在同一市县且为同一纳税主体，或者有特别批准的情况，则该环节可能无需缴纳增值税。