总公司与分公司之间可以存在账务及税务处理协议。该协议可能涵盖分公司的经济责任、利润分配、财务报告和审计、纳税义务等多个方面。 在账务处理方面，总公司和分公司需要明确各自的职责和权利。例如，总公司向分公司拨款时，总公司应借记长期股权投资，贷记银行存款；分公司收到拨款时，应借记银行存款，贷记实收资本。若分公司与总公司之间有往来款，应记入“其他应付款”科目。此外，分公司应按照总公司的要求，按时足额向总公司提供资金投入，确保财务运作的合规性和真实性，并提供准确的财务信息和数据。 在税务处理方面，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条规定，固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。如果总公司和分公司不在同一县（市），则应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。然而，如果经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。这意味着分公司若办理了税务登记，则其为独立的增值税纳税人，应单独申报缴纳增值税。若未办理税务登记，则可能由总机构汇总缴纳增值税。