民办非企业在起初余额有本年利润科目的余额时，应将其余额进行调整，确保财务报表的准确性和合规性。根据相关规定，民办非企业的会计核算应遵循《民间非营利组织会计制度》。 在该制度下，起初余额中的“本年利润”科目余额应转入“非限定性净资产”科目。这是因为“非限定性净资产”是民间非营利组织报告期内净资产总额，它代表了民间非营利组织的资产总额在减除了所有负债后的净资产，而这些净资产中，有些可能是受到了捐赠者对于资金使用的某些限制，有些则没有。而“本年利润”科目在期末应无余额，因为其余额已全部转入“非限定性净资产”科目。 因此，对于起初余额中的“本年利润”科目余额，应将其调整至“非限定性净资产”科目，以确保财务报表的准确性和合规性。