甲方代发农民工工资是一个合法的行为，旨在保障农民工的合法权益。然而，用工单位未申报工人工资则可能违反了相关的税收和劳动法规。 关于补工资申报的问题，用工单位应尽快向相关部门进行申报，并缴纳相应的税款。这样可以确保用工单位合法合规地运营，并避免可能的法律风险。 至于签作业分包合同和劳务班组代开发票的问题，需要谨慎对待。作业分包合同通常用于明确双方的权利和义务，包括工作内容、工期、价款等。然而，在涉及未申报工资的情况下，直接签订分包合同并代开发票可能会掩盖真实的工资支付情况，进而可能违反税收法规。 所以，建议用工单位在解决补工资申报问题之前，不要急于签订作业分包合同或让劳务班组代开发票