国际货物运输代理合同的性质和免税规定可能因国家和地区而异，不同的国家或地区可能有不同的法律规定和政策。因此，对于中国物流公司与香港物流（二船东）签订的国际货物运输代理合同是否算作国际运输免税，需要具体分析合同条款以及相关国家和地区的法律规定。 一般来说，如果该合同符合相关国家和地区的法律规定，并且满足免税的条件，那么该合同可以算作国际运输免税。具体来说，免税的条件可能包括：合同中明确约定了货物的国际运输、收货人和发货人的国籍或所在地为不同国家或地区、合同中包含完整的运输条款和费用明细等。 另外，需要注意的是，即使该合同算作国际运输免税，中国物流公司仍然需要确保其与香港物流（二船东）之间的费用结算符合相关国家和地区的税收规定，避免出现税务问题。 所以，对于中国物流公司与香港物流（二船东）签订的国际货物运输代理合同是否算作国际运输免税，需要具体分析相关规定和条款。