是的，自收自支事业单位也需要使用预算一体化系统进行做账。预算一体化系统是为了加强事业单位的预算管理、资金管理、会计核算和监督等工作的信息化、规范化而建立的一套集成化的管理系统。通过该系统，事业单位可以实现各项预算、收支、核算等业务的全面管理，提高管理效率和准确性，同时也有助于加强监督和规范管理流程。因此，自收自支事业单位也需要按照相关规定和要求，使用预算一体化系统进行做账，并确保数据的真实、准确和完整。