公路、水路的进项税率比铁路、航空的进项税率低的原因有以下几点： 1.公路、水路运输的交通成本比铁路、航空运输的成本低。由于公路、水路运输的路线较为直接，受地形等影响较小，而铁路、航空运输则受地形限制较大，耗费的成本也相对较高。 2.公路客运使用简易计征或小规模纳税人，税率为3%。水路和陆路运输有些是采取简易计征或还是小规模纳税人，所以，税率不一定是9%，公路客运使用简易计征或小规模纳税人，税率为3%。