如果公司在软件做账时，将两个银行账户（基本户和一般户）的流水都录入同一个软件系统，可能会出现您描述的情况，即一个账户的流水对得上，另一个账户的流水却对不上了。因此，建议公司在软件做账时，将两个银行账户的流水分别录入不同的账目或模块中，以便更好地管理和核对。如果两个账户之间存在转账交易，建议在录入时注意核对转账金额和对方账户信息，确保录入准确无误。