1.员工本人提出书面申请，说明停薪留职的原因和期限，经单位行政领导批准后签订“停薪留职”的协议书。 2.停薪留职协议书的内容应包括：停薪留职的期限（不超过3年）、停薪留职期间工资和劳保福利待遇的处理、工龄计算以及双方认为需要明确的其他事项等。 3.停薪留职协议书需报企业主管部门和当地劳动人事部门备案，以便监管部门对企业的用工情况进行监管。 4.如果员工在停薪留职期间从事个体经营或需要调动工作，必须凭停薪留职协议书到相关部门办理相应的手续。 5.未经企业批准擅自离职的员工，企业可以按违反劳动纪律处理。 至于员工在停薪留职期间是否算作在职员工，这需要根据具体的情况而定。如果员工在停薪留职期间没有在企业投保，那么就不算作在职员工。但如果员工在停薪留职期间仍然在企业投保，那么应该算作在职员工。因此，如果员工在停薪留职期间没有工资但仍在企业投保，则不算作停薪留职。