同学您好，建筑企业预交的水利基金，在申报时可以采取以下步骤进行扣除： 准备相关凭证：在申报水利基金时，需要准备预交水利基金的凭证，包括银行转账记录、收据等，以证明已经预交的金额。 填写申报表格：在申报水利基金时，需要填写相关的申报表格，包括企业信息、预交金额、扣除金额等。 提交申报：将准备好的申报表格和相关凭证提交给相关部门进行审核。 审核通过：经过相关部门审核后，如果符合扣除条件，则会将预交的水利基金扣除，并出具扣除证明。