这是一个涉及合同执行和财务处理的问题。可以尝试以下方法解决： 沟通协商：首先，与客户进行沟通，解释扣款的原因，让他们明白这是由于服务质量问题导致的。同时，也让他们明白，如果服务质量和约定不符，公司也有权扣除相应的款项。在这个过程中，最好让客户理解并接受这种处理方式。 修改合同：如果客户同意这种处理方式，可以修改合同中的相关条款，明确写出当服务未达到约定标准时，甲方有权扣除相应的款项，并将此条款写入合同。 咨询专业人士：如果客户不同意这种处理方式，或者修改合同后仍然无法解决问题，可以寻求法律援助或者咨询专业人士的意见。 发票处理：无论最终协商结果如何，都应该按照协商结果开具发票。如果客户坚持要求按照10万元开票，可以在发票上注明实际的付款金额为99000元，并在备注栏中说明扣款情况。 记录和审计：无论最终处理结果如何，都应该做好记录，以便日后审计和查证。同时，也需要注意，如果公司经常发生类似的扣款情况，可能需要考虑修改公司的财务管理流程和规定，以避免类似的问题再次发生。 总之，这是一个比较复杂的问题，需要综合考虑多种因素。在处理过程中，要保持冷静和理性，尽可能地维护公司的利益和声誉。