土地使用税的计税依据是纳税人实际占用的土地面积。具体来说，税务机关根据纳税人实际占用的土地面积，按照规定的税额计算应纳税额，向纳税人征收土地使用税。土地面积是由省、自治区、直辖市人民政府确定的单位组织测定的土地面积。在某些情况下，如果纳税人尚未组织测量，但持有政府部门核发的土地使用证书，则以证书确认的土地面积为准；如果尚未核发土地使用证书，应由纳税人据实申报土地面积。