直营门店的收入先进入控股公司，然后控股公司将收入转回各个门店，再由各门店支付货款给供应商，并由供应商开具发票。 关于增值税的问题，根据中国的增值税法规，如果直营门店是独立的法人实体，则需要在各自的税务登记证下进行独立的税务申报和纳税。因此，直营门店需要就其收入和支出缴纳增值税。同时，如果供应商开具的发票是针对直营门店的，那么该发票可以作为直营门店的成本进行核算。 至于合并报表的问题，如果直营门店和控股公司是同一集团内的关联企业，则可以将直营门店的收入和支出纳入控股公司的财务报表中进行合并。同时，供应商开具的发票可以作为直营门店的成本，并可以在合并报表中予以抵扣。