如果施工劳务企业未能按照工程进度开具发票，导致甲方无法及时支付款项，同时年底税务部门要求缴纳税款的情况，建议采取以下措施： 1.尽快与甲方沟通，说明情况。企业应该尽快联系甲方，解释原因，并请求甲方协助解决问题。 2.补开增值税发票。如果企业已经开具了部分增值税发票，但未能在规定时间内提供给甲方，可以向税务部门申请补开发票。这样就可以避免因未开具发票而产生的税务风险。 3.调整财务计划。由于企业未能按时缴纳税款可能会面临罚款等处罚措施，因此企业需要制定合理的财务计划，确保在规定的时间内按时缴纳税款。 4.加强内部管理。为了避免类似问题的再次发生，企业需要加强内部管理，包括建立健全的财务管理制度、规范业务流程、提高员工的法律意识等方面。总之，对于施工劳务企业来说，要认真对待每一笔业务，遵守相关法律法规和行业准则，以避免不必要的税务风险和经济损失。