如果甲公司具备总承包施工资质，但不具备钢结构施工资质，那么甲公司可能会将钢结构施工部分分包给具备相应资质的乙公司来完成。 在这种情况下，如果施工过程中发生意外，甲公司和乙公司作为承包方和分包方，应当根据各自的责任和过错程度，承担相应的责任。如果甲公司和乙公司签订了分包合同，并且在合同中约定了责任分配方式，那么应当按照合同约定来承担责任。 对于您公司作为业主方，如果与甲公司签订了施工合同，并且在合同中约定了您公司的责任和义务，那么您公司应当按照合同约定来承担相应的责任。如果发生意外，您公司应当积极与甲公司和乙公司协商解决，并且根据合同约定来承担相应的责任和赔偿。 另外，对于乙公司作为分包商，其与您公司之间不存在直接的合同关系，因此您公司不需要与乙公司签订协议。但是，您公司应当监督甲公司和乙公司的施工质量和安全，确保施工过程符合相关法规和规定，并且对于因分包商的过错导致的损失和责任承担，应当依据法律规定和合同约定来处理。 关于税金的问题，如果甲公司和乙公司作为承包方和分包方在施工过程中需要向您公司开具发票，那么您公司需要按照相关税收法规的规定缴纳相应的税金。具体的税金承担方式应当在合同中约定清楚。