高速通行费的进项抵扣是根据《财政部、国家税务总局关于进一步明确全面推开营改增试点有关劳务派遣服务、收费公路通行费抵扣等政策的通知》(财税〔2016〕86号)文件规定进行的。对于一般纳税人支付的道路、桥、闸通行费，可以按照以下公式计算可抵扣的进项税额：高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷（1+3%）×3%；一级公路、二级公路、桥、闸通行费可抵扣进项税额=一级公路、二级公路、桥、闸通行费发票上注明的金额÷（1+5%）×5%。 因此，高速通行费的进项抵扣是根据发票金额和相应的税率进行计算的，而不是直接将发票上的税额进行抵扣