在开具发票时，如果货物已经进入保税区并随后出口，应该将保税区的出境货物备案清单（电子数据）中的报关单号和提运单号都填写在发票的备注栏中。 具体来说，报关单号是在货物出境时由海关出具的，用于核对和监管货物的出口信息的单据编号。而提运单号则是货物从保税区出境并由承运人出具的，用于核对和监管货物的运输信息的单据编号。因此，在开具发票时，应该将这两个单据编号都填写在备注栏中，以便核对和监管货物的出口和运输信息。