合作社自产自销购买的种子、肥料和运费，可以记入“农业生产成本”科目。这个科目用于核算农业生产过程中发生的各项成本和费用。 具体来说，购买的种子、肥料等可以记入“农业生产成本”科目的借方，表示增加了农业生产成本；运费可以记入相关科目的借方，如“销售费用”或“管理费用”，表示增加了销售或管理费用。 同时，如果合作社销售自产的农产品，可以按照销售数量或销售额的一定比例计算增值税进项税额，记入“应交税费”科目的借方。如